COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.746329
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.880530
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 7.021764
2021-05-19 17:00:00 6.389102 6.389102 7.159851
2021-05-18 17:00:00 5.691421 5.691421 7.275691
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 7.522593
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 7.730020

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 6.346593
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 6.505608
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 6.471724
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.651043
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.620179
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.642036 6.524481
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.628672

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 14.917824
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 15.240240
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 15.450822
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 15.818414
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 15.853746
2021-05-17 17:00:00 11.805556 15.717092 16.030147
2021-05-16 17:00:00 20.489978 20.489978 16.215678

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 8.474542
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 8.456043
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 8.545775
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 8.627290
2021-05-18 17:00:00 4.011887 8.636701 8.645455
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.354709 8.536088
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.600459

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.515773
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 6.712805
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 6.837987
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 6.941785
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.118530
2021-05-17 17:00:00 13.310745 5.062592 7.175971
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 7.295985

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 14.183284
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 14.497989
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.041232
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 15.323949
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 15.635879
2021-05-17 17:00:00 20.176991 12.694878 16.112286
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 16.676664

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 3.172233
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 3.183260
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.348146
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.443708
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.548349
2021-05-17 17:00:00 3.149606 8.070866 3.667382
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.778819

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.259170
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.338017
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.400682
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.464944
2021-05-18 17:00:00 2.560706 2.560706 3.532804
2021-05-17 17:00:00 6.158730 2.545431 3.614539
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.789695 3.732979

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 4.037755
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 4.211239
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.306709
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.495366
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.662254
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.574457 4.706414
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.032258 4.897081

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.844889
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 5.972107
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.158200
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.299109
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.385739
2021-05-17 17:00:00 7.513357 4.546373 6.363030
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 6.523313

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.759829
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.866928
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.901223
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.955263
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.913258
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.545629 8.030939
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.233132

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.378725
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.465700
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.552310
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.763623
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.824146
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.211864 1.835369
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 1.939759

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 7.934992
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.168908
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.048339
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 8.394626
2021-05-18 17:00:00 9.615385 6.730769 8.340293
2021-05-17 17:00:00 1.276596 24.680851 8.643168
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 8.933102

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.333361
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 4.454640
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 4.582140
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 4.789101
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 4.979303
2021-05-17 17:00:00 10.489510 1.777251 5.172559
2021-05-16 17:00:00 10.964333 5.746367 5.444177

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.355995
2021-05-21 17:00:00 8.063192 6.997863 7.536759
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 7.764727
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.094091
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 8.266719
2021-05-17 17:00:00 8.459338 3.608787 8.293895
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 8.468408

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 18.494539
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 19.075337
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 19.688410
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 20.010325
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 20.319872
2021-05-17 17:00:00 9.951956 9.951956 20.668669
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 21.576720

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.339822
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.472714
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.510726
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.629534
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.734019
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.079812 2.802780
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 2.869494

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 5.774625 4.576659 6.039023
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.182400
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.331423
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.482341
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 6.803058
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.338603 7.000072
2021-05-16 17:00:00 7.331644 5.337727 7.210090

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.551481
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.638208
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.786958
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.880289
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 5.914818
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.150330 5.976061
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.174131

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 7.161788
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.391349
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 8.097895
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 8.288744
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 8.765993
2021-05-17 17:00:00 8.196721 2.222222 9.207250
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 9.804565

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 12.444444 12.444444 10.266547
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 11.035373
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 11.486395
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 11.795637
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.341246 11.883864
2021-05-17 17:00:00 11.688312 11.688312 12.417129
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 12.218340

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-22 17:00:00 5.958747 8.063405 9.565621
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 9.911390
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 10.047174
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.318443
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.576177
2021-05-17 17:00:00 10.176471 5.743692 10.726068
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 11.076488

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.149826 11.149826 6.346593
Basilicata 14.757709 14.757709 14.917824
Calabria 6.333596 6.333596 8.474542
Campania 5.636472 5.636472 6.515773
Emilia-Romagna 10.695187 10.695187 14.183284
Friuli Venezia Giulia 2.380952 2.380952 3.172233
Lazio 3.135314 3.135314 3.259170
Liguria 3.506721 3.506721 4.037755
Lombardia 5.434141 5.434141 5.844889
Marche 7.598784 7.598784 7.759829
Molise 0.797872 0.797872 1.378725
P.A. Bolzano 4.483837 4.483837 7.934992
P.A. Trento 2.507837 2.507837 4.333361
Piemonte 6.973501 6.973501 7.355995
Puglia 17.631463 17.631463 18.494539
Sardegna 1.640881 1.640881 2.339822
Sicilia 5.774625 4.576659 6.039023
Toscana 4.826749 4.826749 5.551481
Umbria 6.779661 6.779661 7.161788
Valle d'Aosta 12.444444 12.444444 10.266547
Veneto 5.958747 8.063405 9.565621

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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